健康食品查驗登記分成兩種，第一種為個案審查，第二種是以規格標準來申請。
兩種制度以第一種個案審查較嚴格。
第一種個案審查，現有13項保健功效評估方法，
1.調節血脂
2.免疫調節
3.腸胃道健康
4.骨質保健
5.調節血糖
6.護肝(化學性損傷)
7.抗疲勞功能
8.延緩衰老功能
9.促進鐵吸收功能
10.調節血壓功能
11.輔助調整過敏體質
12.不易形成體脂肪
13.牙齒保健。
第二種是規格製，目前只有魚油和紅麴健康食品兩種規格標準，而健康食品許可證因雙軌制而有少許變化，「小綠人」一樣不變，僅以字號作區隔。第一軌是衛署健食字第000000號，第二軌是衛署健食規字第000000號。
查驗登記所需的文件
申請書表
良好作業規範之證明資料
產品原料成分規格含量表
產品衛生檢驗規格及其檢驗報告
產品之安全評估報告★
一般營養成分分析報告
產品之保健功效評估報告★
相關研究報告文獻資料★
保健功效成分鑑定報告及其檢驗方法
產品包裝標籤及說明書
保健功效安定性試驗報告
申請者營利事業登記證影本
產品製程概要
完整樣品及審查費
★號部分：第一軌申請需要
資料來源：台美檢驗科技有限公司
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